กล้องจุลทรรศน์แบบกลับหัวคือกล้องจุลทรรศน์ที่มีแหล่งกำเนิดแสงและคอนเดนเซอร์อยู่ด้านบน กล้องจุลทรรศน์แบบกลับหัวมีประโยชน์สำหรับการสังเกตเซลล์หรือสิ่งมี ชีวิต ที่อยู่ด้านล่างของภาชนะขนาดใหญ่ เช่น ขวดเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อ ภายใต้สภาวะที่เป็นธรรมชาติมากกว่าบนแผ่นกระจก